Se considera el volcán de Suchitán como la zona de recarga de la mayor parte del agua del municipio.

Las fuentes de agua identificadas son: El Cuje, El Tempisque, Las Cajitas del Mezcal, Las Lajas, Chilamate, El Chichicaste, El Guineo, El Agüito, El Escolástico, Matasano, El Sauce, El Aguacate, El Maguey, El Naranjal, El Barranco, Las Cajitas de la Piedrona y El Albañil.

Existen riachuelos como los de Santa Rita y la Quebrada de La Barranca, también los nacimientos de El Chaparrón en Zacuapa, La Jabilla y El Riíto, en la cabecera municipal. Los Pozos y El Pocito en Arada y los pinales, respectivamente; Ojo de agua en Sabanetas, El Carrizal y La Piedra en Brasilar, y otras floraciones en las márgenes del río Ostúa.

Otras fuentes importantes son: Agua Caliente o los Chorros en Jocote Dulce, Agua Caliente de la Bartolina en la cabecera municipal, El Aguacate en Montañita, Tempisque en Carbonera, Julio Méndez en El Guapinol, agua Zarca en Santa Rosa, Monte Alto en Suchitán, Santa Gualuya en El Limón, El Puente en la comunidad del Puente, El Sunzo en Santa Catarina Mita. San Jerónimo o Chomo hacia Barranca Honda entre Horcones, Brasilar y Santa Catarina Mita, Las Norias en Horcones, El Chichicaste en el rumbo de Aradita, San, El Ojo de agua de El Tigre en Las Lajas.

Finalmente, Santa Catarina Mita, es bordeado del poniente norte al oriente sur, por el río Ostúa, en los límites con el municipio de San Manuel Chaparrón, Jalapa.

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